Santos

Danilo sinh ra ở Bicas, Minas Gerais, Brasil. Anh tham gia đội trẻ América Futebol Clube lúc 12 tuổi. Tháng 5 năm 2010, Danilo đầu quân cho câu lạc bộ Santos. Danilo đã giành Campeonato Paulista vào năm 2011, và thi đấu 2 mùa giải với câu lạc bộ.

Porto

Vào đầu tháng 1 năm 2012, sau năm 2011 FIFA Club World Cup, Danilo ký hợp đồng với câu lạc bộ F.C. Porto ở Bồ Đào Nha với số tiền 13.000.000 € có thời hạn 4 năm. Danilo là cầu thủ dự bị cho Cristian Sapunaru trong mùa giải đầu tiên, nhưng ngay sau đó đã trở thành sự lựa chọn số 1 cho câu lạc bộ. Anh cùng Alex Sandro đồng hương người Brasil, tạo nên bộ đôi hậu vệ cánh cực kỳ lợi hại ở Porto.

Real Madrid

Vào ngày 31 tháng 3 năm 2015, Real Madrid mua Danilo từ câu lạc bộ Porto với giá 31.500.000 €, bản hợp đồng có thời hạn 6 năm.

Manchester City

Vào ngày 23 tháng 7 năm 2017, Danilo gia nhập câu lạc bộ Manchester City với một bản hợp đồng có thời hạn 5 năm trị giá khoảng 26,5 triệu euro[4][5][6]. Anh ghi bàn thắng đầu tiên cho đội bóng mới và ngày 23 tháng 12, khi vào sân thay Fabian Delph trong trận đấu trên sân nhà trước AFC Bournemouth và ghi bàn thắng ấn định tỷ số 4-0.[7]

Juventus

Vào ngày 07 tháng tám năm 2019, Danilo gia nhập Serie A vô địch Juventus trên một hợp đồng 5 năm với giá 37 triệu €, trong một hợp đồng gửi João Cancelo đến Manchester City cho 65 triệu €.